| 下设股（站） |
| 人秘股 |
负责会议组织、文电管理、政务信息、档案管理、秘书事务等机关日常政务；负责资产管理、联系接待、保密保卫等行政事务；负责全局业务综合、督查督办工作；负责机关财务工作。负责机关、直属单位的机构编制、人事管理、劳动工资工作；负责环境保护专业技术人员的管理工作。 |
| 环境管理股 |
拟定全县环境保护规划和年度计划；负责建设项目的环境管理、实施环境影响评价、“三同时”等环境管理工作，负责环境保护统计工作，制定有关制度和规范；管理环境信息和环境监测网络；审检县城内总体规划中的环境保护内容；拟定并组织实施全县污染物排放总量控制计划；管理、推广和应用环境保护科技成果；组织实施大气、水体、噪声、固体废物、有毒化学品以及机动车的污染防治法规和规章；组织实施排污申报登记、排污许可证、排污收费污染源限期治理和达标排放，危险废物经营许可；组织编制环境功能区划；组织拟定和监督实施重点流域、重点区域污染防治规划；负责水环境污染防治工作；负责环境监理稽查工作；指导城乡环境综合整治；指导城乡环境综合整治。 |
| 自然保护股 |
监督实施生态保护法规和规章；组织拟定生物多样性保护计划；组织编制自然保护区规划；监督管理县境内自然保护区，监督自然资源开发活动中的环境保护；指导和监督矿区复垦、生态破坏恢复整治、湿地环境保护，荒漠化防治工作；管理生物技术环境安全；负责农村生态环境保护，指导生态示范区建设和生态农业建设。 |
| 法宣股 |
拟定和组织实施环境保护宣传教育规划；负责环境保护工作的宣传报道工作；推动公众和非政府组织参与环境保护；负责环境保护行政处罚，行政复议和应诉工作；组织开展对贯彻执行国家和省环境保护法律、法规和执行检查。 |
环境监测站 |
环境质量监测：水环境质量监测、大气环境质量监测、生态环境监测、地质环境检测、辐射与振动环境检测、噪声监测、地下水监测。
专项环境监测：酸雨监测、臭氧层破坏监测、温室气体监测、生物多样性监测、固体废物监测、转基因活生物体及其产品环境安全监测。
污染源监测：工业污染源监测、农业污染源监测、城市生活污染源监测、放射性污染源监测，机动车船污染排放监测。
环境监测科研：环境监测方法与标准研究，环境监测技术规范研究，环境监测管理研究，环境监测信息处理与传递技术研究，监测污染源成套技术研究，环境监测仪器研制与开发，环境监测标准物质研制与开发，环境质量预测预报研究。
环境监测服务：环境污染事故应急处理，环境监测技术咨询，环境监测技术仲裁，受社会委托环境监测
环境监测网运行管理
环境监测人员培训
环境监测技术交流 |
| 环境监察大队 |
污染防治监察：污染治理设施运行监督，排污情况监督，建设项目“三同时”与限期治理现场监督，排污许可证管理，污染事故与纠纷调查处理。
生态环境监察：资源开发项目环境监察，非污染性建设项目环境监察，自然保护区环境监察，风景名胜区环境监察，森林环境监察。
农村环境监察：农业污染监察，乡镇企业环境监察，禽畜养殖场环境监察，秸杆焚烧监察，取缔关停“15小”企业现场执法。
排污收费管理：排污量核定，污染物种类核定，排污费征收。 |
